El cloro, utilizado solo o en forma de hipoclorito sódico, actúa como un potente desinfectante. Añadido al agua destruye rápidamente las bacterias y otros microbios que pueda contener, lo que garantiza su potabilidad y ayuda a eliminar sabores y olores. La mayor parte del suministro de agua potable en Europa occidental depende de la cloración.
En las piscinas el uso de hipoclorito sódico es imprescindible para evitar la proliferación de algas u hongos, eliminar los organismos patógenos y asegurar unas condiciones higiénicas óptimas.